Lafayette, Mulligan e Laurens estão bebendo com o noivo quando Burr surge na festa (“The Story of Tonight (Reprise)”). Hamilton pressiona Burr, perguntando por que ele ainda não pediu sua amada em casamento. Quando os dois se separam, Burr admite que está feliz por esperar o momento certo para conseguir o que deseja (“Wait For It”).

A revolução continua. Hamilton pede insistentemente a Washington que o mande à guerra em uma posição de comando, mas o general se recusa (“Stay Alive”). Em vez disso, Washington nomeia Charles Lee, que sofre uma grande derrota na Batalha de Monmouth. Lee tenta colocar a culpa em Washington. Em resposta, Laurens desafia Lee para um duelo (“Ten Duel Commandments”). Laurens vence o duelo e fere Lee. Washington fica tão furioso com o duelo que ordena a Hamilton que volte para casa (“Meet Me Inside”). Quando Hamilton volta para casa, Eliza revela que está grávida (“That Would Be Enough”). Lafayette convence a França a ajudar o Exército Continental, mudando os rumos da guerra a favor da Revolução (“Guns and Ships”). Washington e Lafayette percebem que precisam de Hamilton e o general ordena seu retorno. Washington lembra a primeira e desastrosa ordem que deu a Hamilton (“History Has Its Eyes on You”). Na Batalhe de Yorktown, o Exército Continental sai vitorioso (“Yorktown (The World Turned Upside Down)”). O rei George III reaparece, se perguntando como as colônias governarão a si mesmas (“What Comes Next?”).

Após a guerra, Hamilton e Burr ficam encantados com seus filhos recém-nascidos (“Dear Theodosia”). A paz de Hamilton termina quando ele descobre que uma tragédia se abateu sobre seu amigo Laurens (“Tomorrow There’ll Be More Of Us”). Hamilton se dedica ao trabalho como advogado e é eleito para a Convenção Constitucional como representante de Nova York. Ele pede a Burr que ajude a escrever os Papéis Federalistas em apoio à Constituição. Burr se recusa, acrescentando que não quer ser pego no lado perdedor. Angelica se casa com um marido rico e se muda para Londres. O presidente Washington oferece a Hamilton o cargo de Secretário do Tesouro e ele aceita, apesar das preocupações de Eliza (“Non-Stop”).

O segundo ato inicia em 1789, quando Thomas Jefferson retorna da França e se torna Secretário de Estado. Ao viajar para Nova York, ele descobre que os planos de Hamilton dariam ao governo federal um grande controle sobre a economia (“What’d I Miss?”). Hamilton debate com Jefferson os méritos de seu plano financeiro na presença do presidente (“Cabinet Battle #1”). Washington interrompe a discussão quando ela se transforma em uma troca de insultos, em vez de uma troca de ideias. Washington ordena que Hamilton chegue a um meio-termo entre as partes.

Hamilton trabalha em casa e escreve cartas afetuosas para Angelica em Londres. Eliza tenta convencê-lo a passar férias com a família no campo quando Angelica visitá-los no verão. Quando Angelica chega, Hamilton se recusa a acompanhá-los, concentrando-se no trabalho. As irmãs saem de férias sem ele (“Take a Break”).

Enquanto Eliza está fora, Hamilton recebe a visita de Maria Reynolds, que afirma ter sido abusada e abandonada por seu marido. Eles começam a ter um caso. O marido de Maria, James Reynolds, chantageia Hamilton por causa de suas indiscrições. Hamilton fica furioso, mas paga Reynolds para que possa continuar vendo Maria em segredo (“Say No to This”).

Hamilton se encontra com Jefferson e Madison em um jantar privado, que resulta no “Compromisso de 1790”. Hamilton recebe apoio para seu plano financeiro em troca da transferência da capital dos Estados Unidos para a Virgínia. Burr se ressente da influência de Hamilton sobre o governo e resolve buscar sua própria posição de poder (“The Room Where It Happens”).

O pai de Eliza perde sua cadeira no Senado para Burr. Hamilton toma isso como um ataque pessoal. Burr nega, mas o episódio gera animosidade entre eles (“Schuyler Defeated”). Jefferson e Hamilton discutem se os Estados Unidos deveriam se envolver na Revolução Francesa (“Cabinet Battle #2”). Washington concorda com Hamilton que os Estados Unidos devem permanecer neutros. Burr, Jefferson e Madison reclamam do apoio constante de Washington a Hamilton e os três decidem encontrar uma forma de manchar a imagem de Hamilton (“Washington on Your Side”). No entanto, Washington informa a Hamilton que Jefferson decidiu não concorrer à presidência e que ele mesmo não tentará a reeleição. Juntos eles escrevem o Discurso de Despedida de Washington (“One Last Time”).

Na Inglaterra, o rei George III fica sabendo que George Washington está deixando a presidência e se deleita com um possível colapso dos Estados Unidos sob a liderança de John Adams (“I Know Him”). Adams e Hamilton têm um confronto público que acaba destruindo o Partido Federalista (“The Adams Administration”). Com Hamilton enfraquecido, Jefferson, Madison e Burr partem para o ataque, acusando-o de traição e desvio de dinheiro do governo (“We Know”). Hamilton diz que tudo o que eles descobriram foram as evidências de seu caso com Maria Reynolds. Preocupado com a possibilidade de ser denunciado pelos inimigos, Hamilton reflete sobre como seus problemas poderiam ter sido resolvidos (“Hurricane”).

Hamilton publica as cartas recebidas de James e Maria Reynolds e revela o que aconteceu (“The Reynolds Pamphlet”). Seus inimigos comemoram sua queda. Angelica retorna da Inglaterra para apoiar sua irmã Eliza durante o escândalo. Eliza queima todas as cartas que recebeu de Hamilton, destruindo suas chances de redenção e impedindo que o mundo soubesse o que Hamilton pensava (“Burn”).

Passam-se os anos e o filho de Hamilton, Philip, se forma no King’s College. Transtornado com as calúnias de George Eacker contra seu pai, Philip desafia Eacker para um duelo. Hamilton ordena que Phillip atire para o alto em vez de atirar em Eacker (“Blow Us All Away”) mas Eacker atira em Phillip. Ele é levado às pressas a um médico, mas morre nos braços de Hamilton e Eliza (“Stay Alive (Reprise)”). Após a morte de Philip, a família de Hamilton se muda para o norte de Manhattan. Nos meses seguintes, Hamilton luta para conquistar o perdão de Eliza (“It’s Quiet Uptown”).

A eleição presidencial de 1800 termina empatada entre Jefferson e Burr. Quando os delegados perguntam a Hamilton em quem eles devem votar, ele surpreende a todos ao manifestar seu apoio a Jefferson. Jefferson vence com uma ampla vantagem (“The Election of 1800”).

Nos próximos meses, Burr e Hamilton trocam uma série de cartas nas quais Burr exige desculpas por algumas ofensas e desentendimentos. Hamilton não quer se desculpar. Burr desafia Hamilton para um duelo e ele aceita (“Your Obedient Servant”). Hamilton acorda muito cedo na manhã do duelo. Eliza pede que ele volte para a cama, mas Hamilton insiste que deve ir (“Best of Wives and Best of Women”). Burr e Hamilton se deslocam até Nova Jersey para o duelo. Com as armas em punho, a ação congela. Hamilton reflete sobre o quanto pensou na morte e se pergunta qual será seu legado. Quando a ação é retomada, Hamilton dispara sua pistola para o alto, mas Burr atira em Hamilton, atingindo-o mortalmente. Burr lamenta que, embora tenha sobrevivido, será sempre lembrado como o vilão da história (“The World Was Wide Enough”).

Durante os próximos cinquenta anos de sua vida, Eliza conta a história do marido e honra seu legado. Ela ajuda a criar o primeiro orfanato privado da cidade de Nova York em homenagem a Hamilton. E mesmo com todas as suas conquistas, ela anseia pelo dia em que voltará a ver Hamilton, quando suas almas se reencontrarem. Ela contempla um horizonte desconhecido, esperando que tenha feito o suficiente em sua vida (“Who Lives, Who Dies, Who Tells Your Story”).