Lafayette, Mulligan y Laurens están bebiendo con el novio, cuando Burr llega a la recepción (“The Story of Tonight (Repetición)”). Hamilton presiona a Burr sobre por qué evita actuar, especialmente con respecto a la mujer que ama. Cuando los dos hombres se separan, Burr admite que está contento de esperar el momento adecuado para obtener lo que desea (“Wait For It”).

La revolución continúa. Hamilton le pide repetidamente a Washington que le asigne un batallón, pero el general se niega (“Stay Alive”). Washington, en cambio, asciende de cargo a Charles Lee, lo cual trae resultados terribles en la Batalla de Monmouth. Lee calumnia a Washington para evitar la culpa. En respuesta, Laurens desafía a Lee a un duelo (“Ten Duel Commandments”). Laurens gana, hiriendo a Lee. Washington está tan enojado con el duelo que le ordena a Hamilton regresar a su hogar (“Meet Me Inside”). Cuando Hamilton regresa a casa, Eliza revela que está embarazada (“That Would Be Enough”). Lafayette convence a Francia para que apoye al Ejército Continental, cambiando el equilibrio de la guerra a favor de la Revolución (“Guns and Ships”). Washington y Lafayette se dan cuenta de que necesitan que Hamilton regrese, y el general le da una orden. Washington recuerda su primera y desastrosa orden a Hamilton (“History Has Its Eyes on You”). En la Batalla de Yorktown, el Ejército Continental queda victorioso (“Yorktown (The World Turned Upside Down)”). El Rey George III aparece de nuevo, preguntándose cómo las colonias se gobernarán a si mismas (“What Comes Next?”).

Después de la guerra, Hamilton y Burr se maravillan con sus hijos recién nacidos (“Dear Theodosia”). El momento de paz de Hamilton se interrumpe cuando se entera de que una tragedia ha caído sobre Laurens (“Tomorrow There’ll Be More of Us”). Hamilton se dedica al trabajo de abogado y es elegido como delegado de Nueva York para la Convención Constitucional. Pide ayuda a Burr para escribir los Documentos Federalistas para apoyar la Constitución. Burr se niega aduciendo que no quiere ser atrapado en el lado perdedor. Angélica se casa con un marido rico y se marcha a Londres. El presidente Washington le ofrece a Hamilton el cargo de Secretario de Hacienda. A pesar de las preocupaciones de Eliza, él acepta. (“Non-Stop”).

El Segundo Acto comienza en 1789 cuando Thomas Jefferson regresa de Francia y se convierte en Secretario de Estado. Al dirigirse a Nueva York, se entera de que los planes de Hamilton le otorgarían al gobierno federal un gran control económico (“What’d I Miss?”). Jefferson y Hamilton debaten los méritos del plan financiero de Hamilton frente al presidente (“Cabinet Battle #1”). Washington detiene el debate porque los insultos se intercambian cada vez más en lugar de ideas. Washington le ordena a Hamilton que encuentre un compromiso entre ambas partes.

Hamilton trabaja desde casa y escribe cartas afectuosas a Angélica en Londres. Eliza trata de convencerlo de que acompañe a la familia de vacaciones al campo, cuando Angélica visite en el verano. A la llegada de Angélica, Hamilton se niega a ir, concentrándose en su trabajo. Las hermanas se van a vacacionar sin él (“Take a Break”).

Mientras Eliza está fuera, Hamilton es visitado por Maria Reynolds, quien afirma que su esposo la ha maltratado y abandonado. Comienzan un romance. El esposo de Maria, James Reynolds, regresa para chantajear a Hamilton por sus indiscreciones. Hamilton está furioso, pero le paga a Reynolds el dinero que solicita para seguir viendo a Maria, a escondidas (“Say No To This”).

Hamilton se reúne con Jefferson y Madison en una cena privada, lo cual resulta en el “Compromiso de 1790”. Hamilton recibe apoyo para su plan financiero a cambio de trasladar la capital de los Estados Unidos a Virginia. Burr anhela el tipo de influencia que Hamilton tiene en el gobierno y se propone obtener su propia posición de poder (“The Room Where It Happens”).

El padre de Eliza pierde su escaño en el Senado ante Burr. Hamilton considera esto como un ataque personal. Burr refuta esto, pero se crea animosidad entre ellos (“Schuyler Defeated”). Jefferson y Hamilton discuten sobre si los Estados Unidos deberían involucrarse o no en la Revolución Francesa (“Cabinet Battle #2”). Washington está de acuerdo con Hamilton en que deben permanecer neutrales. Burr, Jefferson y Madison lamentan el constante apoyo que Washington le da a Hamilton, y los tres deciden encontrar una manera de empañar la imagen de Hamilton (“Washington on Your Side”). Más tarde, Washington le dice a Hamilton que Jefferson ha renunciado para postularse a la presidencia y que el propio Washington no buscará la reelección. Juntos escriben el discurso de despedida de Washington (“One Last Time”).

En Inglaterra, el Rey George III recibe noticias sobre la renuncia de George Washington como presidente y anticipa alegremente que Estados Unidos colapsará bajo el liderazgo de John Adams (“I Know Him”). Adams y Hamilton tienen un enfrentamiento público que destruye al Partido Federalista (“The Adams Administration”). Con Hamilton en una posición debilitada, Jefferson, Madison y Burr van a Hamilton, acusándolo de malversar dinero del gobierno y cometer traición (“We Know”). Hamilton les dice que solo han descubierto evidencia de su aventura romántica con Maria Reynolds. Preocupado por la posibilidad de que sus enemigos lo expongan, Hamilton reflexiona sobre cómo siempre se había salvado de los problemas en el pasado (“Hurricane”).

Hamilton publica las cartas que James y Maria Reynolds le escribieron, y escribe sobre lo que sucedió (“The Reynolds Pamphlet”). Sus enemigos se regocijan en su caída. Angélica regresa de Inglaterra para apoyar a su hermana Eliza durante el escándalo. Eliza quema todas las cartas que Hamilton le había escrito, destruyendo la oportunidad de éste para la redención y evitando que el mundo conozca lo que él pensaba (“Burn”).

Pasan los años, y el hijo de Hamilton, Phillip, se gradúa en el King’s College. Molesto porque George Eacker ha estado hablando mal de su padre, Philip lo desafía a un duelo. Hamilton le ordena a Phillip que apunte su arma al cielo en lugar de a Eacker (“Blow Us All Away”). Sin embargo, Eacker le dispara a Phillip. Él es llevado de urgencia a un médico, pero muere con Hamilton y Eliza a su lado (“Stay Alive (Repetición)”). Tras la muerte de Phillip, la familia Hamilton se muda a la parte norte de Manhattan. Durante los meses que siguen, Hamilton lucha por obtener el perdón de Eliza (“It’s Quiet Uptown”).

La elección presidencial de 1800 termina en un empate entre Jefferson y Burr. Cuando los delegados le piden a Hamilton su opinión sobre por quién votar, sorprende a todos al elegir a Jefferson. Jefferson termina ganando por una gran mayoría (“The Election of 1800”).

Durante los próximos meses, Burr y Hamilton intercambian una serie de cartas en las que Burr busca disculpas por los desaires y las discrepancias. Hamilton se niega a disculparse. Burr desafía a Hamilton a un duelo, que Hamilton acepta (“Your Obedient Servant”). Hamilton se levanta muy temprano en la mañana del duelo. Eliza desea que vuelva a la cama, pero Hamilton insiste en que se tiene que ir (“Best of Wives and Best of Women”). Burr y Hamilton viajan a Nueva Jersey para el duelo. Con las armas desenfundadas, todo se congela. Hamilton reflexiona sobre lo mucho que ha pensado acerca de la muerte y se pregunta sobre cuál será su legado. Cuando se reanuda la acción, Hamilton apunta su pistola al cielo, pero Burr dispara a Hamilton y éste muere. Burr se lamenta de que, aunque sobrevivió, está maldito por ser el villano de la historia (“The World Was Wide Enough”).

Durante los próximos cincuenta años de su vida, Eliza cuenta la historia de su esposo y honra su legado. Ella ayuda a establecer el primer orfanato privado en la Ciudad de Nueva York como un homenaje a Hamilton. Pero por más que ha logrado, no puede esperar a ver a Hamilton nuevamente cuando sus almas se reúnan. Ella mira hacia un horizonte desconocido, esperando que haya hecho lo suficiente con su tiempo de vida (“Who Lives, Who Dies, Who Tells Your Story”).