Lafayette, Mulligan und Laurens trinken gerade mit dem Bräutigam, als Burr am Empfang ankommt (The Story of Tonight (Reprise) / Heute Nacht (Reprise)). Hamilton bedrängt Burr, warum er nicht auf die Frau, die er liebt, zugeht. Als sich die beiden Männer trennen, gibt Burr zu, dass er gerne auf den richtigen Moment wartet, um zu bekommen, was er will (Wait For It / Warte noch).

Die Revolution geht weiter. Hamilton bittet Washington wiederholt, ihm ein Feldkommando zu übertragen, doch der General weigert sich (Stay Alive / Halte durch). Washington ernennt stattdessen Charles Lee, der in der Schlacht von Monmouth kläglich scheitert. Lee versucht, Washington die Schuld in die Schuhe zu schieben. Daraufhin fordert Laurens Lee zu einem Duell heraus (Ten Duel Commandments / 10 Duell-Gebote). Laurens gewinnt und verwundet Lee. Washington ist über das Duell so wütend, dass er Hamilton befiehlt, nach Hause zurückzukehren (Meet Me Inside / Wir reden drinn‘n). Als Hamilton nach Hause zurückkehrt, offenbart ihm Eliza, dass sie schwanger ist (That Would Be Enough / Das wäre mir genug). Lafayette überzeugt Frankreich davon, die Kontinentalarmee zu unterstützen, wodurch sich der Kriegsverlauf zu Gunsten der Revolution wendet (Guns and Ships / See und Land). Washington und Lafayette erkennen, dass sie Hamilton brauchen, und der General befiehlt ihm, zurückzukehren. Washington erinnert sich an seinen ersten, katastrophalen Befehl an Hamilton (History Has Its Eyes on You / Die Geschichte wird dabei Zeuge sein). In der Schlacht von Yorktown erringt die Kontinentalarmee den Sieg (Yorktown (The World Turned Upside Down)). König Georg III. taucht wieder auf und stellt sich die Frage, wie sich die Kolonien selbst verwalten werden (What Comes Next? / Und was jetzt?).

Nach dem Krieg sind Hamilton und Burr voller Freude über ihre jeweiligen neugeborenen Kinder (Dear Theodosia / Oh Theodosia). Hamiltons Moment des Friedens wird zerstört, als er erfährt, dass sein Freund Laurens von einer Tragödie heimgesucht wurde (Tomorrow There’ll Be More Of Us / Schon morgen gibt es mehr von uns). Hamilton widmet sich seiner Arbeit als Anwalt und wird als Vertreter von New York in die Constitutional Convention gewählt. Er bittet Burr, die Federalist Papers zur Unterstützung der Verfassung mit zu verfassen. Burr weigert sich und fügt hinzu, er wolle nicht auf der Verliererseite stehen. Angelica heiratet einen reichen Mann und zieht nach London. Präsident Washington bietet Hamilton den Posten des Finanzministers an, den er trotz Elizas Bedenken annimmt (Non-Stop).

Der zweite Akt beginnt im Jahr 1789, als Thomas Jefferson aus Frankreich zurückkehrt und Außenminister wird. Als er nach New York reist, erfährt er, dass Hamiltons Pläne der Regierung eine erhebliche Kontrolle über die Wirtschaft geben würden (What’d I Miss? / Was hab ich verpasst?). Jefferson und Hamilton debattieren vor dem Präsidenten über die Vor- und Nachteile von Hamiltons Finanzplan (Cabinet Battle #1 / Kabinett Battle #1). Washington unterbricht die Diskussion, wenn sie in einen Austausch von Beleidigungen statt von Ideen ausartet. Washington beauftragt Hamilton, einen Kompromiss zwischen den beiden Parteien zu finden.

Hamilton arbeitet von zu Hause aus und schreibt Liebesbriefe an Angelica in London. Eliza versucht, ihn davon zu überzeugen, mit seiner Familie einen Urlaub auf dem Land zu machen, wenn Angelica im Sommer zu Besuch kommt. Als Angelica eintrifft, lehnt Hamilton es ab, sie zu begleiten, um sich auf seine Arbeit zu konzentrieren. Die Schwestern fahren ohne ihn in den Urlaub (Take a Break / Nimm dir Zeit).

Während Elizas Abwesenheit erhält Hamilton Besuch von Maria Reynolds, die behauptet, ihr Mann habe sie missbraucht und verlassen. Sie beginnen eine Affäre. Marias Ehemann James Reynolds erpresst Hamilton wegen seiner Fehltritte. Hamilton ist außer sich, zahlt Reynolds aber Schweigegeld, damit er Maria weiterhin heimlich treffen kann (Say No to This / Sag Nein dazu).

Hamilton trifft sich mit Jefferson und Madison bei einem privaten Abendessen, das zum „Kompromiss von 1790“ führt. Hamilton erhält Unterstützung für seinen Finanzplan im Gegenzug für die Verlegung der Hauptstadt der Vereinigten Staaten nach Virginia. Burr ärgert sich über Hamiltons Einfluss in der Regierung und beschließt, sich selbst eine Machtposition zu verschaffen (The Room Where It Happens / In diesem Zimmer).

Elizas Vater verliert seinen Sitz im Senat an Burr. Hamilton sieht das als persönlichen Angriff. Burr leugnet dies, aber es treibt einen Keil zwischen die beiden (Schuyler Defeated / Schuyler besiegt). Jefferson und Hamilton streiten darüber, ob die Vereinigten Staaten in die Französische Revolution verwickelt werden sollten (Cabinet Battle #2 / Kabinett Battle #2). Washington lässt sich von Hamilton überzeugen, dass die Vereinigten Staaten neutral bleiben sollten. Burr, Jefferson und Madison beklagen sich über Washingtons ständige Unterstützung von Hamilton, und die drei beschließen, einen Weg zu finden, um Hamiltons Ansehen zu beschädigen (Washington on Your Side / Mit Washington Hand in Hand). Später teilt Washington Hamilton mit, dass Jefferson nicht mehr für das Amt des Präsidenten kandidiert und dass Washington selbst nicht mehr zur Wahl antreten wird. Gemeinsam schreiben sie Washingtons Abschiedsrede (One Last Time / Ein letztes Mal).

In England erhält König Georg III. die Nachricht, dass George Washington zurücktritt, und freut sich über die Aussicht auf den Zusammenbruch der Vereinigten Staaten unter der Führung von John Adams (I Know Him / Kenn‘ ich den?). Adams und Hamilton haben eine öffentliche Auseinandersetzung und zerstören damit die Föderalistische Partei (The Adams Administration / John Adams Präsidentschaft). Da Hamilton in einer geschwächten Position ist, greifen Jefferson, Madison und Burr Hamilton an und beschuldigen ihn der Veruntreuung von Regierungsgeldern und des Verrats (We Know / Die Wahrheit). Hamilton berichtet, dass sie nur Beweise für seine Affäre mit Maria Reynolds gefunden haben. Besorgt darüber, dass seine Feinde ihn öffentlich anprangern, denkt Hamilton darüber nach, wie seine Probleme in der Vergangenheit hätten gelöst werden können (Hurricane).

Hamilton veröffentlicht die Briefe, die er von James und Maria Reynolds erhalten hat, und berichtet über die Ereignisse (The Reynolds Pamphlet / Das Reynolds Pamphlet). Seine Feinde freuen sich über seinen Sturz. Angelica kehrt aus England zurück, um ihre Schwester Eliza während des Skandals zu unterstützen. Eliza verbrennt alle Briefe, die Hamilton ihr geschrieben hat, um seine Chance auf Erlösung zu zerstören und zu verhindern, dass die Welt seine Gedanken erfährt (Burn / Brenn‘).

Die Jahre vergehen und Hamiltons Sohn Philip macht seinen Abschluss am King’s College. Philip ist verärgert darüber, dass George Eacker seinen Vater denunziert hat, und fordert Eacker zu einem Duell heraus. Hamilton befiehlt Phillip, in die Luft statt auf Eacker zu schießen, aber Eacker schießt auf Phillip (Blow Us All Away / Hau‘ uns alle um). Er wird zu einem Arzt gebracht, stirbt aber mit Hamilton und Eliza an seiner Seite (Stay Alive (Reprise) / Halte durch (Reprise)). Nach Philips Tod zieht die Familie Hamilton in den nördlichen Teil Manhattans. In den folgenden Monaten kämpft Hamilton um Elizas Vergebung (It’s Quiet Uptown / Es ist ruhiger Uptown).

Die Präsidentschaftswahlen von 1800 enden mit einem Patt zwischen Jefferson und Burr. Als die Delegierten Hamilton nach seiner Meinung fragen, für wen sie stimmen sollen, überrascht er alle, indem er Jefferson unterstützt. Jefferson gewinnt mit großer Mehrheit (The Election of 1800 / Die Wahl von 1800).

In den folgenden Monaten wechseln Burr und Hamilton eine Reihe von Briefe, in denen Burr um Entschuldigung für Beleidigungen und Meinungsverschiedenheiten bittet. Hamilton weigert sich, sich zu entschuldigen. Burr fordert Hamilton zu einem Duell heraus, das Hamilton annimmt (Your Obedient Servant / Euer treuester Diener). Hamilton steht am Morgen des Duells sehr früh auf. Eliza bittet ihn, wieder ins Bett zu kommen, aber Hamilton besteht darauf, dass er gehen muss (Best of Wives and Best of Women Beste Frau, beste Gattin). Burr und Hamilton reisen für das Duell nach New Jersey. Mit gezogenen Waffen wird die Zeit eingefroren. Hamilton hält einen inneren Monolog darüber, wie viel er über den Tod nachgedacht hat und fragt sich, was für ein Vermächtnis er hinterlassen wird. Er feuert in seine Pistole in die Luft, aber wird von Burrs Schuss getroffen und stirbt. Burr klagt darüber, dass er zwar überlebt hat, aber dazu verflucht sei, der Schurke der Geschichte zu sein (The World Was Wide Enough / Die Welt war groß genug).

In den nächsten fünfzig Jahren ihres Lebens erzählt Eliza die Geschichte ihres Mannes und ehrt sein Vermächtnis. Sie hilft bei der Gründung des ersten privaten Waisenhauses in New York City als Tribut an Hamilton. Aber egal, wie viel sie erreicht hat, sie sehnt sich nach dem Tag, an dem sie Hamilton wiedersehen wird, wenn ihre Seelen wieder vereint sind. Sie blickt in die unbekannte Ferne und hofft, dass sie ihre Lebenszeit gut genutzt hat (Who Lives, Who Dies, Who Tells Your Story / Wer lebt, wer stirbt, wer schreibt Geschichte).