革命還在繼續。漢密爾頓一再要求華盛頓將他分配到一個戰地指揮部，但將軍拒絕了（「活下去」/“Stay Alive”）。華盛頓反而任命了在蒙茅斯戰役 (Battle of Monmouth) 中慘敗的查爾斯·李 (Charles Lee)。李試圖將責任歸咎於華盛頓。作為回應，勞倫斯向李挑戰進行決鬥（「決鬥十誡」/“Ten Duel Commandments”）。勞倫斯贏了，傷了李。華盛頓對決鬥非常憤怒，他命令漢密爾頓回家（「在裡面見我」/“Meet Me Inside”）。當漢密爾頓回家時，伊萊扎透露她懷孕了（「那就夠了」/“That Would Be Enough”）。拉斐特說服法國援助大陸軍，改變戰局，有利於革命（「堅船利炮」/“Guns and Ships”）。華盛頓和拉斐特意識到他們需要漢密爾頓；將軍命令他回來。華盛頓記得他給漢密爾頓的第一個災難性的命令（「歷史在看著你」/“History Has Its Eyes on You”）。在約克鎮戰役 (Battle of Yorktown) 中，大陸軍取得勝利（「約克鎮（天翻地覆）」/“Yorktown (The World Turned Upside Down)”）。國王喬治三世再次出現，想知道殖民地將如何管理自己（「接下來會發生什麼？」/“What Comes Next?”）。

戰後，漢密爾頓和伯爾被他們各自的新生兒迷住了（「親愛的狄奧多西亞」/“Dear Theodosia”）。當漢密爾頓得知悲劇降臨到他的朋友勞倫斯身上時，他平靜的時刻被打破了（「明天我們會有更多人」/“Tomorrow There’ll Be More Of Us”）。漢密爾全身心投入他的律師工作，並作為紐約代表被選入制憲會議 (Constitutional Convention)。他請伯爾幫助撰寫支援憲法的聯邦黨人文集 (Federalist Papers)。伯爾拒絕，並補充說他不想最終與失敗方為伍。安吉麗卡嫁給一個富有的丈夫，並搬到倫敦。華盛頓總統向漢密爾頓提供財政部長的職位；他接受了，儘管伊萊扎很擔心（「永不停歇」/“Non-Stop”）。

第二幕開始於 1789 年，托馬斯·傑斐遜 (Thomas Jefferson) 從法國回來並成為國務卿 (Secretary of State)。他去紐約旅行時，得知漢密爾頓的計劃將使聯邦政府對經濟有很大的控制權（「我錯過了什麼？」/“What’d I Miss?”）。傑斐遜和漢密爾頓在總統面前辯論漢密爾頓財政計劃的優點（「內閣首戰」/“Cabinet Battle #1”）。當爭論陷入相互侮辱而非思想交流時，華盛頓叫停了爭論。華盛頓命令漢密爾頓在兩派之間找到妥協。

漢密爾頓在家工作，給倫敦的安吉麗卡寫充滿愛意的信。伊萊扎試圖說服他在安吉麗卡夏天來訪時陪家人去鄉下度假。當安吉麗卡到達時，漢密爾頓拒絕陪她們，專注於他的工作。姐妹倆獨自去度假（「休息一下」/“Take a Break”）。

當伊萊扎離開時，瑪麗亞·雷諾茲 (Maria Reynolds) 拜訪漢密爾頓，聲稱她的丈夫虐待並拋棄了她。他們開始了一段戀情。瑪麗亞的丈夫詹姆斯·雷諾茲 (James Reynolds) 就漢密爾頓的輕率行為而進行敲詐。漢密爾頓很生氣，但還是向雷諾茲封支付了口費，這樣他就可以繼續幽會瑪利亞（「對此說不」/“Say No to This”）。

漢密爾頓在一次私人晚宴上會見了傑斐遜和麥迪遜 (Madison)，這導致了「1790 年妥協」(“Compromise of 1790”)。漢密爾頓獲得了對其財務計劃的支援；作為交換，他將美國首都遷至弗吉尼亞 (Virginia)。伯爾憎惡漢密爾頓對政府的影響力，並決心獲得自己的權力地位（「事情就發生在這個房間」/“The Room Where It Happens”）。

伊萊扎的父親把自己的參議員席位輸給了伯爾。漢密爾頓認為這是人身攻擊。伯爾否認這一點，但這讓他們之間敵意滿滿（「斯凱勒落敗」/“Schuyler Defeated”）。傑斐遜和漢密爾頓爭論美國是否應該涉足法國大革命（「內閣二戰」/“Cabinet Battle #2”）。華盛頓同意漢密爾頓的觀點，即美國應該保持中立。伯爾、傑斐遜和麥迪遜抱怨華盛頓一直支援漢密爾頓，三人決心想辦法玷汙漢密爾頓的形象（「華盛頓站在你這邊」/“Washington on Your Side”）。但後來，華盛頓通知漢密爾頓，傑斐遜已決定不競選總統，華盛頓本人也不會尋求連任。他們一起撰寫華盛頓的告別演說（「最後一次」/“One Last Time”）。

在英國，國王喬治三世收到喬治·華盛頓下臺的訊息，並對約翰·亞當斯 (John Adams) 領導下的美國的崩潰前景感到高興（「我知道他」/“I Know Him”）。亞當斯和漢密爾頓公開對抗，摧毀了聯邦黨（「亞當斯政府」/“The Adams Administration”）。由於漢密爾頓處於弱勢地位，傑弗遜、麥迪遜和伯爾攻擊漢密爾頓，指控他挪用政府資金和叛國（「我們知道」/“We Know”）。漢密爾頓告訴他，他們所發現的只是他與瑪麗亞·雷諾茲婚外情的證據。由於擔心他的敵人可能會披露他，漢密爾頓反思了他的問題在過去可能是如何解決的（「颶風」/“Hurricane”）。

漢密爾頓公佈了他從詹姆斯和瑪麗亞·雷諾茲那裡收到的信件，並披露了所發生的事情（「雷諾茲摺頁冊子」/“The Reynolds Pamphlet”）。他的敵人為他的落敗而歡欣鼓舞。醜聞期間，安吉麗卡從英國回來支援她的姐姐伊萊扎。伊萊扎燒掉了漢密爾頓曾經寫給她的所有信件，讓他救贖無望，他的想法也因此不為世人所知（「燒掉信函」/“Burn”）。

幾年過去了，漢密爾頓的兒子菲利普 (Philip) 從國王學院 (King’s College) 畢業。喬治·埃克 (George Eacker) 一直在誹謗菲利普的父親，菲利普對此感到非常懊惱，挑戰埃克進行決鬥。漢密爾頓命令菲利普向空中開火，而不是向埃克開火，但埃克開槍打中菲利普（「我們無一倖免」/“Blow Us All Away”）。他被緊急送醫，但在漢密爾頓和伊萊扎的陪伴下死去（「活下去」（重放）/“Stay Alive (Reprise)”）。菲利普死後，漢密爾頓一家搬到曼哈頓 (Manhattan) 北部。在接下來的幾個月裡，漢密爾頓努力獲得伊萊扎的原諒（「上城如此靜謐」/“It’s Quiet Uptown”）。

1800 年的總統選舉以傑斐遜和伯爾打成平手而告終。當代表們向漢密爾頓徵求意見，他們應該投票給誰時，他支援傑斐遜，這讓所有人都感到驚訝。傑斐遜顯勝（「1800 年選舉」/“The Election of 1800”）。

在接下來的幾個月裡，伯爾和漢密爾頓交換了一系列信件，伯爾要求對方為輕視和分歧道歉。漢密爾頓拒絕道歉。伯爾向漢密爾頓發生決鬥挑戰，漢密爾頓接受（「你順從的僕人」/“Your Obedient Servant”）。決鬥那天上午漢密爾頓起得很早。伊萊扎告訴他回去睡覺，但漢密爾頓堅持要求（「最好的妻子和最好的女人」/“Best of Wives and Best of Women”）。伯爾和漢密爾頓前往紐澤西 (New Jersey) 進行決鬥。隨著槍出套，場景停滯。漢密爾頓反思他對死亡的認識，並想知道他會留給後人什麼。當場景繼續時，漢密爾頓向空中開槍，但伯爾開槍射殺漢密爾頓。伯爾哀嘆道，雖然他活了下來，但被詛咒成為故事中的反派（「世界曾經足夠寬廣」/“The World Was Wide Enough”）。

在接下來的五十年裡，伊萊扎講述她丈夫的故事，並向他的遺產致敬。她幫助建立紐約市 (New York City) 第一所私人孤兒院，以此向漢密爾頓致謝。但不管她取得多大的成就，她都渴望有一天能再次見到漢密爾頓，彼此靈魂重聚。她看著未知的地平線，希望她生活已經足夠充實（「誰活著，誰死了，誰講述你的故事」/“Who Lives, Who Dies, Who Tells Your Story”）。